
Diffusion: septembre 2003

Le supercalculateur XANA vient de lancer une nouvelle attaque contre la planète Terre. Cette fois, il a pris le contrôle de l'ours en peluche de la jeune Milly.
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Alors qu'Odd tente de monter un groupe de musique, XANA prend le contrôle du réseau électrique qui alimente le collège.
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Jérémie a trouvé le moyen de se faire coller pendant les vacances scolaires pour être là au cas où XANA déciderait de lancer une nouvelle attaque.
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Sissi se sert du journal intime d'Ulrich, qui contient des détails sur ses activités secrètes, pour l'obliger à s'intéresser à elle.
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XANA a créé un virus informatique qu'il a diffusé sur Internet. Toutes les bases de données de la ville sont perturbées.
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Quand le proviseur décide d'agrandir le gymnase, XANA ne perd pas de temps pour transformer les bulldozers du chantier en armes.
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Yumi disparaît puis réapparaît, inconsciente, dans l'un des scanners de l'usine. Jérémie, Ulrich et Odd décident alors de l'emmener à l'infirmerie.
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Un réalisateur de cinéma envisage de tourner son prochain film dans l'usine. Mais que se passera-t-il s'il découvre le laboratoire, le supercalculateur et Lyoko ?
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En plein cours de sciences, les téléphones portables de tous les élèves se mettent à sonner. Quand ils décrochent, il n'y a personne au bout du fil.
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La nouvelle élève qui arrive au collège est le portrait craché d'Aelita. Imaginez la surprise de nos héros !
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Jérémie a un gros problème : il est trop intelligent. Ses professeurs pensent qu'il devrait être transféré dans un lycée réservé aux surdoués.
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Après avoir reçu une lettre, Ulrich prend son courage à deux mains et avoue ses sentiments à Yumi, mais il n'obtient pas la réaction qu'il espérait.
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Après une autre tentative infructueuse de Jérémie pour donner vie à Aelita, le programme informatique de la jeune fille virtuelle se met à bugger.
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L'usine déserte retrouve un nouveau souffle quand XANA en investit chaque rouage.
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Yumi va mal, car ses parents, d'habitude si proches, ont décidé de se séparer le temps de faire le point.
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Un nouvel élève débarque au collège. Il s'intéresse aussitôt à Sissi, mais Hervé ne l'entend pas de cette oreille.
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En utilisant un nouvel appareil du laboratoire du collège, XANA parvient à créer des nanovirus, de minuscules machines capables d'attaquer la mémoire du cerveau humain.
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Laissé seul dans sa chambre, Odd entre dans un état de transe étrange, puis cesse de bouger. Le lendemain, Sissi subit le même sort.
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Après s'être disputé avec Aelita, Jérémie décide d'aller sur Lyoko en personne pour retrouver son amie et lui demander pardon.
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Alors que XANA a pris le contrôle de la chaîne de montage de l'usine déserte, les robots d'Hervé et de Jérémie s'affrontent dans le gymnase.
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Ulrich est obsédé par la finale du championnat de foot. Mais quelques minutes avant le coup d'envoi, XANA met tous les environs en apesanteur.
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Las de l'indifférence apparente de Yumi à son égard, Ulrich commence à fréquenter une autre fille, ce qui met Yumi en colère et provoque une dispute.
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Odd en pince pour Sam, une adolescente rebelle d'un collège voisin. Ils se donnent un rendez-vous secret à Kadic.
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Lorsque Jérémie se retrouve en cours de sciences 12 heures plus tôt, il se rend compte qu'Odd, Yumi et Ulrich manquent à l'appel et ne sont pas rentrés de Lyoko.
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Jérémie termine le programme de matérialisation d'Aelita. Les héros vont enfin être tous réunis pour anéantir le supercalculateur !
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La matérialisation d'Aelita est un succès, et le moment est maintenant venu de détruire XANA ! Mais quand Jérémie commence à tout désactiver, Aelita s'évanouit.
Regarder cet épisode →Diffusion: août 2005

Des surprises attendent la bande sur Lyoko : Jérémie a programmé des engins ultra performants et XANA a généré de nouveaux monstres.
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En enquêtant sur l'Ermitage, où Aelita a eu des visions, Jérémie découvre que la maison appartient à un certain Franz Hopper.
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Les héros explorent le Cinquième Territoire dans l'espoir de découvrir les secrets qu'il recèle.
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XANA a pris le contrôle du programme « retour dans le temps » du supercalculateur et les héros se rendent vite compte qu'il a envoûté Sissi.
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Aelita est assaillie par des visions de plus en plus angoissantes. Depuis quelques jours, elle n'arrive plus à fermer l'œil.
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C'est la Saint-Valentin ! Yumi et Ulrich se disputent au sujet de William. Aelita reçoit un joli collier et pense que c'est Jérémie qui le lui a offert en cadeau.
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Tandis qu'Aelita se prépare à jouer les DJ lors d'une soirée au collège, XANA prévoit de s'en prendre à elle.
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En voulant sauver Aelita d'une attaque de la Méduse, Yumi se retrouve engagée dans un combat acharné contre le monstre.
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Yumi et sa famille vont devoir déménager. Effondré par la nouvelle, Ulrich formule un plan pour qu'ils puissent rester.
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En décryptant une partie du journal de Franz Hopper, Jérémie tombe sur une théorie intéressante sur les systèmes multi-agents.
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La pile nucléaire qui alimente le supercalculateur est à court de combustible. Sentant le danger venir, XANA élabore un plan pour voler de l'uranium.
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Jérémie insiste pour retourner dans le temps, mais ses amis sont conscients du danger que cela représenterait.
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Les élèves de 4e et de 3e suivent une formation au code de la route. La tension est palpable entre Ulrich et William qui veulent tous les deux impressionner Yumi.
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XANA se sert de Kiwi pour propager un virus qui transforme les humains en zombies ayant pour unique objectif de tuer nos héros.
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Sous l'emprise de XANA, le proviseur, kidnappe Yumi et Odd et lance un ultimatum à Jérémie.
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Au terme d'une autre mission réussie sur Lyoko, nos héros se rematérialisent dans les scanners. Mais quelque chose ne tourne pas rond.
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Tout le monde est amoureux au collège ! D'abord, Jérémie embrasse Heidi ! Ensuite, c'est Yumi qui embrasse Mathias !
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Humilié pendant un cours d'EPS, William part ruminer dans les bois... au moment précis où XANA décide d'attaquer.
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En utilisant à son avantage un relais de la télévision nationale, XANA fait jaillir des spectres des antennes et des émetteurs dans toute la ville.
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Une fois de plus, Aelita est en proie à d'étranges visions qui semblent liées à un passé qu'elle n'a pas vécu. Il s'agit en fait de l'un des plans de XANA !
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C'est le jour de la visite médicale au collège ! Mais l'infirmière scolaire se retrouve sous l'emprise de XANA et Aelita se fait capturer.
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Après avoir entendu des bruits étranges dans la chaufferie, Sissi est certaine que le collège Kadic est hanté.
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Un homme étrange débarque au laboratoire informatique, se faisant passer pour Franz Hopper. Nos héros n'en croient pas leurs yeux.
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Les héros ont des soucis avec Sissi, qui a un comportement étrange. Serait-elle sous l'emprise de XANA ?
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Afin de décrypter plus facilement le journal de Franz Hopper, Jérémie décide d'activer à nouveau une tour.
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Grâce au journal de Franz Hopper, que les amis ont enfin déchiffré, Jérémie comprend ce qui relie Aelita à XANA.
Regarder cet épisode →Diffusion: septembre 2006

C'est la rentrée. Après le calme des vacances d'été, nos héros ne tardent pas à devoir affronter XANA à nouveau.
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Il est temps d'élire les délégués de classe. Jérémie, persuadé qu'Hervé sera son unique adversaire, est certain d’être élu.
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XANA a trouvé un moyen de faire monter le niveau de la mer numérique, « inondant » ainsi Lyoko et bloquant l'accès des héros au Cinquième Territoire.
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Une agence gouvernementale ultra secrète découvre que Jérémie a piraté son système informatique.
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Aelita a du mal à accepter la disparition de son père. Elle se confie à Jérémie et lui fait part de ses doutes : et si Franz Hopper était toujours en vie quelque part ?
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Johnny, l'ami d'Hiroki, a le béguin pour Yumi. Timide et inexpérimenté, il a besoin de conseils pour la séduire.
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Après avoir croisé Yumi en pleine nuit dans la rue, William est déterminé à découvrir ce qu'elle manigance !
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Ulrich et Odd sont victimes d'un étrange phénomène : bien qu'ils soient de retour dans le monde réel, ils sont persuadés d'être toujours sur Lyoko.
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Jérémie remarque qu'un homme sous l'emprise de XANA a saboté le supercalculateur. Ce dernier sera irrémédiablement détruit si Jérémie ne le répare pas rapidement.
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Jérémie pense avoir enfin trouvé le moyen de virtualiser ses amis directement dans le Cinquième Territoire. Ulrich est désigné pour jouer les cobayes.
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Odd est frustré : Ulrich, Aelita et Yumi ont tous les deux des pouvoirs spéciaux, tandis que lui n'a rien, à part ses minables flèches laser.
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Nos héros sont épuisés. Ils passent leur temps à lutter contre XANA, ce qui a des conséquences désastreuses sur leurs résultats scolaires.
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William a rejoint la bande des Lyoko-guerriers. Il a hâte d'affronter XANA et les monstres virtuels pour la première fois !
Regarder cet épisode →Diffusion: août 2007

Grâce aux données envoyées depuis le réseau par Franz Hopper, Jérémie et Aelita parviennent à recréer une partie de Lyoko : le Cinquième Territoire.
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Jérémie crée un spectre polymorphe à son image qui le remplacera en cours de sport. Il pourra ainsi plancher sur un moyen de ramener William de Lyoko.
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Tout Kadic est en émoi : le batteur du célèbre groupe de rock Les Subdigitals va venir au collège !
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Le foyer du collège est inauguré. C'est la réplique de William qui sera chargée de gérer ce nouveau lieu pour les élèves.
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Jérémie et Aelita achèvent la création d'un vaisseau virtuel capable d'emmener les Lyoko-guerriers dans les tréfonds du réseau informatique mondial.
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Sous la pression de Lyoko-guerriers impatients, Jérémie accepte de lancer le vaisseau virtuel Skidbladnir pour son voyage inaugural.
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XANA a tendance à s'attaquer spécifiquement à Jérémie et Aelita. Jérémie s'en inquiète, car les autres ne savent pas utiliser seuls le supercalculateur.
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Les Lyoko-guerriers repartent en mission dans la mer numérique pour explorer un nouveau monde virtuel que XANA semble avoir créé sur le modèle de Lyoko.
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Jérémie s'est mis en tête d'entraîner les Lyoko-guerriers afin de lutter plus efficacement contre XANA.
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En utilisant un satellite militaire, XANA parvient à détourner la trajectoire d'une comète, qui menace maintenant de s'écraser sur l'usine et le collège.
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Pour enseigner un cours sur les écosystèmes, Mme Hertz emmène la classe de troisième camper sur une île isolée au milieu d'un lac.
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Afin d'impressionner Milly en lui apportant un scoop, Hiroki tente de lui procurer le journal intime de sa sœur.
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Les Lyoko-guerriers envisagent une mission de recherche et de destruction contre le supercalculateur qui a généré le premier Réplika.
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Nos héros retournent dans le laboratoire d'Amazonie, bien décidés à détruire une bonne fois pour toutes le supercalculateur qu'il abrite.
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Lors d'une mission de routine, Odd prend la décision d'emmener Kiwi sur Lyoko avec lui, contre l'avis de Jérémie.
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Jérémie, embarrassé par le comportement de plus en plus humain de la réplique de William, fait part de ses craintes à ses amis.
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Les Lyoko-guerriers retournent dans leurs familles respectives pour les fêtes de fin d’année... à l'exception d'Aelita, dont le passé reste un sujet douloureux.
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Nos héros retournent vers la base du désert où ils font une découverte inquiétante, tandis qu'Odd semble être poursuivi par le mauvais sort.
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Grâce à Odd, Jérémie gagne un baptême de l'air à bord d'un avion de chasse. Mais que se passerait-il en cas d'attaque de XANA ?
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Sissi accueille sa correspondante venue d'Islande, un véritable canon qui rend fous tous les garçons du collège.
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Les Lyoko-guerriers ne supportent plus Kiwi, le chien d'Odd. Ils décident donc de le laisser au labo pendant deux semaines.
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Lors d'une inspection surprise des chambres, Odd supplie Yumi de cacher Kiwi chez elle. Pendant ce temps, Jérémie a repéré un nouveau Réplika.
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Patrick, le cousin de Jérémie, débarque à Kadic. Contrairement aux autres Lyoko-guerriers, qui le trouvent très sympa, Jérémie ne peut pas le supporter.
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C'est le grand soir : Aelita mixe en première partie du concert des Subdigitals !
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Aelita découvre une photo d'elle en compagnie de Franz Hopper à l'Ermitage. Jérémie essaie d'en extraire des informations.
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Lors de la visite des parents d'Odd, XANA passe à l'attaque en se servant des téléphones portables pour rendre leurs propriétaires particulièrement agressifs.
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Tandis qu'Ulrich et Aelita affrontent un nouveau monstre virtuel géant indestructible, Odd et Yumi sont « translatés » vers une base en Sibérie.
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Les Lyoko-guerriers retournent en Sibérie pour tenter de libérer définitivement William des griffes de XANA.
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Ayant abandonné l'idée de détruire les Réplikas, Jérémie concentre à nouveau ses efforts sur les systèmes multi-agents.
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Après leur victoire contre XANA, les héros se réunissent une dernière fois afin d'éteindre le supercalculateur pour de bon.
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